Действие игры одновременно разворачивается в условном настоящем и в прошлом, во время третьего Крестового Похода. В наше время героем является Дезмонд Майлз, обычный бармен, которого похитил некий ученый, представляющий интересы корпорации «Абстерго», крайне заинтересованной в генах Дезмонда. Дело в том, что он является последним из древнего рода убийц, служивших в секте хашашинов. В частности, одним из его предков был убийца по имени Альтаир ибн Ла-Ахад, который и является героем действия в прошлом. Учёный, с помощью аппарата «Анимус», декодирует генную память Дезмонда, которая, по его словам, содержит помимо всего прочего и воспоминания о деяниях предков. Молодому бармену приходится раз за разом переживать приключения своего дальнего родича.